Dal 1999, con l’affidamento dei servizi museali della Soprintendenza per i Beni Architettonici e per il Paesaggio alla Associazione Temporanea di Imprese tra Mondadori Electa, Associazione Civita, Acea e Costa Aquarium, è a disposizione dei visitatori del Cenacolo una serie diversificata di servizi, che vanno dalla biglietteria alla prenotazione, dalle audioguide in più lingue alle visite didattiche, dalla editoria specializzata al servizio di libreria e vendita di merchandising e riproduzioni d’arte.

All’Associazione Civita sono affidate le attività di accoglienza, informazione, biglietteria, controllo accessi, audioguide, visite guidate e attività didattica, nonché il servizio di informazioni telefoniche e prenotazioni erogato con il supporto tecnico del call center Teleart s.r.l..
Le attività editoriali – che comprendono sia gli strumenti di visita al monumento (guide, guide brevi, cartoguide) sia le pubblicazioni scientifiche curate dalla Soprintendenza – e la gestione della libreria sono affidate alla casa editrice Mondadori Electa.